Основне завдання ДУ «Житомирська фітолабораторія» полягає у виконанні комплексу заходів спрямованих на охорону території Житомирської обл. від занесення та інтродукції регульованих шкідливих організмів, та визначення фітосанітарного стану об'єктів регулювання вітчизняного та імпортного походження.
Відділ фітосанітарного аналізу проводить експертизу рослин і продуктів їх переробки на наявність карантинних та некарантинних шкідливих організмів. І тільки на основі висновків фітосанітарної експертизи, фітосанітарний інспектор дає «добро» на можливість вивезення за кордон чи переміщення даної продукції в межах України.
Відділ фітосанітарного аналізу проводить контрольні обстеження посівів, складів зберігання імпортної та вітчизняної продукції, підприємств закритого грунту, багаторічних насаджень, візуально та за допомогою феромонних пасток. Важливе місце відводиться обстеженню лісонасаджень та огляду лісопродукції, тому, що до 80% всіх аналізів припадає на деревину.
У відділі аналітики пестицидів, агрохімікатів проводять аналітичний контроль якості пестицидів, якості протруювання посівного матеріалу, дослідження ґрунту, поверхневих вод та с/г продуктів рослинного походження на встановлення залишкової кількості пестицидів.