Висновок фітосанітарної експертизи надається за результатами проведених досліджень щодо наявності шкідливих організмів протягом 24 годин з моменту подання зразка об’єктів регулювання на експертизу, а при проведенні складних аналізів (мікологічних, бактеріологічних, вірусологічних, гельмінтологічних) або на встановлення прихованої зараженості експертиза може тривати протягом 30 днів згідно Постанови від 12.05.07р. №705 (із змінами від 16.11.16р. Постанова КМ №829) п.п. 12, 13.
Висновок фітосанітарної експертизи оформляється в 3-х примірниках: один примірник видається власнику вантажу, другий – фітосанітарному інспектору, третій – зберігається в лабораторії разом з протоколом фітосанітарної експертизи.
Висновок фітосанітарної експертизи видається уповноваженій власником вантажу особі або державному фітосанітарному інспектору про що ставиться відповідний підпис у журналі видачі висновків фітосанітарної експертизи.